Подскажите, пожалуйста, если отдать в визовом центре 2 действующих загранпаспорта, то в какой вклеят итальянскую визу?

Не переживайте. Во-первых, да, в анкете нужный паспорт указан. Во-вторых, они у вас уточнят при подаче, в какой клеить (у меня так было), и документы все сворачивают и складывают в тот паспорт, где будет виза