Можно ли из МСК лететь вылететь по загранпаспорт РФ, а въехать в Молдову по молдавскому паспорту? Не будет ли проблем на РФ таможне при возвращении?

Из РФ и в РФ вообще строго по российскому, если гражданин РФ.

Раньше я именно так и летал, никогда никаких вопросов не было, тк территории и штампы других государств никак российских таможенников волновать не должны.

Но поменялось ли что после ситуации в мире, не знаю. С тех пор не летал. Особенно после крокуса. Возможно более внимательно изучают всю инфу по пересечениям границ.

Никаких проблем , РФ не запрещает иметь 2 гражданства. В любом случае, если спросят про второй паспорт, смело показывайте и молдавский.