А насколько в Узбекистане развито транспортное сообщение? Если ехать дикарями и посетить несколько городов, вроде Бухары, Самарканда, Ферганы? Или будет сложновато?

будет нормально, автобусы, поезда и частные водители ездят много, особенно между крупными туристическими городами. Даже самолеты летают за приемлимую плату. Много частных экскурсионных контор (отвезут, привезут, покажут, чисто по стране). Единственное с поездами может быть проблема, так как билеты на скоростные поезда быстро разбирают. Билетами на поезд нужно озаботится за месяц минимум.