Если я из РФ с загран паспортом РФ в котором виза Шенген через Грецию полечу Москва-Стамбул Стамбул-Берлин, в аэропорту Берлина ко мне не будет никаких претензий? потому что я РФ?

В Германию через аэропорты прибывают ежечасно, я думаю, сотни граждан РФ, возможно, тысячи.

Ваш рейс из Стамбула в Берлин будет состоять на 50% из граждан РФ, так как из-за отсутствия прямого авиасообщения между ЕС и РФ полеты через Турцию представляются самым выгодным вариантом.

С формальной точки зрения дипломатические отношения между РФ и ФРГ никогда не прекращались и обе страны не переставали выдавать друг другу визы.

потому что вы из РФ вопросов не будет, а вот почему вы с греческой визой прилетели в Берлин, а не Афины могут быть.

На рейс посадят без вопросов, а вот в аэропорту Берлина могут быть вопросы что вы делаете с Греческой визой в Германии. Особенно если виза до этого не была "открыта" в Греции.

Мне кажется проблемы могут быть только потом с Греками, если вы к ним за новой визой пойдёте.

Если сильно переживаете, можно сделать бронь билета из Берлина в Грецию для погранцов Берлина))