Посоветуйте как лучше поехать до Москвы в начале сентября, через Вильнюс и Чернышевское или через Вильнюс и Минск.

Зачем там ночевать в дороге? Ночевать можно в поезде из Минска до Москвы, например или в поезде Чернышевское - Москва.

Билеты на поезд из Чернышевского надо брать на сайте РЖД, используя vpn. Оплата российской картой.

Чтобы спокойно доехать на поезде из Чернышевского до Москвы, поинтересуйтесь сначала остались ли билеты на нужные вам даты