Есть правило, что первой страной въезда в шенгенскую зону должна быть именно страна, выдавшая визу?

Нет такого правила, это последнее время у вахтеров на границе фантазия разыгралась.

Всегда было правило основного пребывания по мультивизе. Когда спрашивали при подаче "где вы планируете провести больше всего дней" (хоть и подавался ты на визу грубо говоря Эстонии а собирался лететь в Италию). В случае с визой D, даже такого вопроса не задают, так как подразумевается, что вы и так так все время проведёте.