А по прибытии в Вену, когда подаёшь документы в магистрат на ВНЖ, нужна ли будет опять справка о наличии средств и будут ли опять рассчитывать сумму для пребывания.

Чаще всего нужна на самом последнем этапе получения карты ВНЖ. Они сами пишут сумму, которую надо показать (по калькулятору на год).

В местном банке 99% за то, что вам не откроют счёт с гражданством РФ без ВНЖ. Поэтому показывают на российском счёте.