Подскажите пожалуйста, есть ли внутренний пограничный контроль у Австрии с Венгрией, при поездке на поезде?

Нет. Билеты и паспорт проверяют кондукторы. Но в связи с подготовкой к теракту никто не скажет что австрийцы введут у себя нового

Я езжу на поезде часто в венгрию из Австрии и обратно и на первой остановке после границы частенько (особенно в некоторые периоды) заходят пограничники, проверяют документы.

Очень редко, но могут проверить паспорт/внж, я езжу пару раз в неделю в Вену из Венгрии и за год была проверка 2 раза.