Один мой знакомый опасается, что его заставят при замене паспорта транскрибировать имя не так, как раньше. Кто-нибудь с таким сталкивался?

У меня в паспорте Iurii

Да, в моем имени тоже "y" поменялось на "ii"

Потому что поменялись правила

Всегда можно приложить к анкете заявление, в свободной форме, о том как вам нужно прописать имя и почему. Можно просто попросить «как в старом паспорте». Я всегда прикладываю такое, чтобы остаться Evgeny и не стать Evgenii или чем-то другим) на сайте консульств есть об этом информация)