Такой вопрос, если въехать в Эквадор с сентября по декабрь на 3 мес и перед новым годом уехать, вернувшись через несколько недель в январе 3 месяца ещё дадут?

Нет, не дадут. 90 дней в полугодие. Отчёт с даты вашего первого въезда, а не с календарного года

Это в Колумбии работает так, а тут нет такой системы

С гражданством РФ у вас 90 дней в полгода. Отсчёт начинается с даты вьезда