Такой вопрос может кто знает. Можно ли в филиппинском РФ консульстве заключить брак между гражданином России и гражданкой Филиппин ?

Нет. Только между гражданами РФ. Вам в ситихол местный

В консульстве можно получить некоторые бумаги для заключения брака. А сам брак регистрируют по месту вашего жительства на Филиппинах местные органы власти и юристы, возможно это будет священник, если вы одной веры.