Собираюсь репатриироваться в Израиль, ничего страшного если прадедушка и прабабушка имели разночтения в СОР и СОБ и СОС? к примеру родился прадедушка как Самуйлович, а умер как Самуилович Консул не докопается до этого?

Консулы обычно относятся с пониманием к таким вещам. У моей бабушки имя по-разному писалось в разных местах — вопросов не вызвало, т.к. в СССР часто чиновники путали еврейские имена.

Всё в порядке.

Знаю ситуации, где бабушка Хая, а в каких-то документах Екатерина

Консулы с пониманием относятся к подобным мелочам. Раньше (как и сейчас) то и дело совершали ошибки в документах, не переживайте по этому поводу. Единственное что, загс может встать в позу, сразу говорите им что вам документы не для получения каких то финансовых благ от государства или наследства