Хотим лететь через Бухарест, мы граждане Казахстана без шенгенской визы. В Бухаресте регистрацию надо будет проходить?

Вас еще в Стамбуле не посадят на рейс до Бухареста без шенгенской визы. Это два разных билета двух независимых друг от друга авиакомпаний. Иными словами, для служб а/к Пегасус вы люди, пытающиеся без надлежащих документов улететь в визовую страну.

Upd. Увидела, что у вас Стамбул - это тоже промежуточная точка. Значит, в посадке откажут еще в изначальном пункте.