Подскажите, есть ли возможность доехать из Виллы Сан Джованни в Мессину ночью после полуночи ?

Ну, точно можно, авто арендуйте или такси возьмите, без проблем.

поезда ночью не ходят, автобусы, вероятнее всего, тоже. Так что вариант - такси

Не помню во сколько там идет ночной интерсити. Посмотрите на Трениталии.

Паромы ходят круглые сутки. Просто ночью реже, чем днём