Подскажите, пожалуйста, была ли у кого-то ситуация, что при регистрации IMEI указали стоимость меньше 500 долларов, а пограничники оценили больше? Как к этому отнеслись пограничники, были ли какие-то проблемы?

Пограничники занимаются немного другим. Для постоянной регистрации IMEI вы на таможню (беачукай) идете, если сильно не занижаете цену то проблем не будет, плюс если телефон бу, а не новый только из коробки. Если вы до 3х месяцев то вам временной условно бесплатной регистрации IMEI хватит