Можете, пожалуйста, прояснить один непонятный момент для меня. У меня есть гражданство Молдовы и я собираюсь приехать в Литву из Калининграда.

Нет, они и так поймут что есть паспорт РФ и вопросов не будет

Не переживайте, не возникнут вопросы)) но имейте ввиду, что в последнее время они начали цепляться к тем у кого 2-е гражданство МД, попросят показать паспорт, типа на каком основании вы выезжаете в Европу если у вас нет визы в паспорте РФ. Сама так же проходила в прошлом году, паспорт был чистым и ни одной печати не было. Сейчас печатей много, но они все равно цепляются. Смотрят нет ли печатей Украины