Если документы поданы на ВНЖ Словакии по ИП, легально находиться в Словакии больше 3х месяцев, если нет ответа?

Легально. Вам нужен закон 404 § 131k, (2) "Гражданин третьей страны, обратившийся в отделение полиции за предоставлением разрешения на временное проживание в соответствии с § 31 абз. 3 или постоянное место жительства согласно § 44 абз. 1, имеет право оставаться на территории Словацкой Республики до принятия решения по данному заявлению."

Идите в полицию и спросите про ваше внж. Пока документы на рассмотрении, то можете находиться на территории Словакии