Подскажите пожалуйста кто летал, рейс Москва - Кишинев через Ереван какой паспорт предъявить на паспортном контроле в аэропорту, есть Российский внутренний и Молдавский загран , компания Flyone, лечу в первый раз?

пограничникам рф паспорт рф, дальше мд, на стойке тот на который билет брали

Если у вас Российский только внутренний - то без вариантов - туда по Российскому в Ереван, далее - по Молдавскому везде. Обратно - так же по Российскому