Скажите, пожалуйста, у кого-то был опыт поездки из Молдовы в Россию через Армению: въехать в Армению из Молдовы по внутреннему паспорту РФ, выехать из Армении по внутреннему паспорту РФ в Россию?

Теоретически вроде можно, а практически зачем? Показывайте в Армении паспорт МД (если он есть), а внутренний российский оставьте для показа в России.

Если летите единым билетом, то в Ереване нет паспортного контроля.

Пограничникам Молдовы показываете молдавский паспорт, пограничникам РФ показываете внутренний российский паспорт, в Ереване загран РМ показываете на транзитном переходе.