Для оформления загранпаспорта РФ можно обращаться в консульства как Рима, так и Милана? Или они берут только по резиденции/домичилио из списка подведомственных городов?

Любое из четырех, плюс выездные кое-где бывают.

В консульство Милана невозможно записаться на паспорт ни с резиденцией не без неё

Можно в любой стране вообще.

В Милане все занято. Народ от туда в Рим едет. Без разницы