Прилетели на Пхукет чартером , вернуться обратно нужно тоже чартером той же авиакомпанией, но мы опоздали на обратный рейс, а эта авиакомпания уже не летает на Пхукет вообще.

Если прилетели чартером то и улететь можно чартером. Если фирмы больше нет, только в другую страну наземным транспортом а оттуда самолётом.

Вылететь можно любым регулярным рейсом. Вам сказали неверную информацию

Вылетать или выезжать можно как угодно, независимо от того прибыли вы чартером, регулярным рейсом или пешим ходом.

Вы можете улететь чартером только если прилетели чартером, зато если прилетели чартером, можете и регулярным рейсом уехать. Короче летите регулярным и не парьтесь)