Если сын родился в Израиле и имеет Израильское гражданство. Въезжая в Россию,нужно ли ему делать Российское гражданство(оба родителя также граждане России) или можно не делать? Будут ли проблемы?

Хотите, не хотите - ребенок родившийся у двух граждан России автоматически является гражданином России. Изменить это вы не сможете. Отказаться от российского гражданства ваш ребенок сможет только лично сам, по достижении им совершеннолетия. Выезд несовершеннолетнего гражданина российской федерации за границу возможен только по российским документам. Вам или не ехать с ребенком, или положенные документы оформлять.