Для возможности получить впоследствии гражданство, детям 4-кам, нужно прожить три года, т.е. совершенных 3 года по 365 дней? Или допускается возможность выезжать на каникулы например?

Не детям, а всей семье. Нужно именно накопить три года по 365 дней. Выезжать можно, но все выезды считаются. Обратите внимание, что именно ВСЕ выезды, не только детей, но и родителей. К примеру, каждый год дети ездили на месяц на лето в РФ к бабушке. И кто-то из родителей выезжал каждый год на месяц в командировку. В сумме за три года набежало 6 месяцев, когда центром жизни всей семьи Израиль не был. Обращаться за гражданством можно будет спустя три года и эти набежавшие 6 месяцев.

Формально выезды не должны превышать 25% от года. Всё говорят, что желательно, чтобы меньше был этот показатель.