Если я репатриируюсь в Израиль по линии матери, все документы на прабабушку есть что она еврейка, дальше бабушка указана русская, это 3 поколение или как?

Еврейство по матери, в СССР и РФ национальность по отцу. Поэтому у прабабушки еврейка все дети евреи, неважно кто отец по национальности и что в документах.

Если сможете доказать всё до прабабушки, т. е. все СОРы и связи, то Вы третьим будете, а если Ваша мама - дочь бабушки, то ваще супер