А с условно Испанским Шенгеном я из Барселоны могу в Берлин лететь? Или могут быть проблемы, если будет досмотр документов?

Можете .

Даже если вдруг в теории, что бывает крайне редко, будет проверка документов, обратный билет покажите в Барселону или в РФ и все.

Внутри шенгена куда угодно можно, постоянно так путешествую. Въезд через Францию, т.к. визу французы мне дают. А далее....