Подскажите, пожалуйста, сколько нужно времени на стыковку в Маниле? Три часа будет достаточно? Лечу первый раз.

Часа 4 должно хватить. Но я бы рекомендовал переночевать в Маниле в отеле неподалёку от аэропорта. Если все будет штатно, то вы отдохнёт после долгого перелёта, а если рейс задержится, то будет достаточная временная задержка, чтобы не потерять следующий рейс.