Увидела что у ребёнка ему 2 года ( четвёртое поколение , на гражданство не претендует ) просрочена виза, у нас вылет из Израиля.

Добрый день, конечно впустят ребенка 2х лет с вами в Израиль обратно, на границе одного его не оставят.

Такой момент уточняющий: у ребенка в паспорте РФ должна быть первая а5виза, проставленная в МВД и въездная виза в Израиль - их срок действия обычно совпадает. Скорее всего, вам необходимо также продлить а5 для ребенка в ближайшее время. В этот же момент можно купить въездную визу. Ребенка необходимо привезти с собой в МВД для этой процедуры. На продление лучше взять с собой документ справку из сада, если ходит или из больничной кассы, что обслуживается и его ведет врач, либо сертификат о прививках местный. В бумажном виде, не в электронном.

Лучше приходить продлять за месяц или 2 недели до срока истечения. В нашем случае мы приходили на 3-4 недели позже на продление - ничего страшного.