У меня есть паспорт РФ и МД.Хотим лететь через Ереван по какому паспорту лучше купить билет в Молдову? и нужно делать перерегистрацию с Еревана до Молдовы ?

На любой, если билет единый, то не нужно. Пограничникам РФ показываете паспорт РФ, пограничникам РМ показываете паспорт РМ, в Ереване любой, но влет и вылет в Армению по одному паспорту.

Я брала на молдавский паспорт, на вылете из России показывала и российский и молдавский— им по боку, дальше везде молдавский. Потому что просили и билет, сверяли данные.