Подскажите пожалуйста, из Гуанчжоу в Гонконг если ехать на поезде, где и каким образом подтверждается пересечение границы, таможня какая-то и тд?

Обе границы проходите по приезду в Гонконг. Выходите из поезда, идете по указателям. Сначала будет китайская граница, затем гонконгская. Далее попадаете в здание вокзала и можно выйти в город или сесть на метро. Там несколько веток.