Подскажите, пожалуйста, если карта UP Газпрома неименная, есть какие-то ограничения по оплатам? Или это не имеет значения?

Никаких ограничений по сравнению с эмбоссированной - нет. Разве что (призрачно) ее труднее будет вернуть из банкомата, если, не дай Будда, ее "зажует".