Пару дней назад приехали в Милан с собакой, может кто делал документы животному в Милане, куда бежать и обращаться что бы потом выпустили со мной обратно в Россию?

Если превысите 90 дней, то будет штраф и запрет въезда в ЕС на срок от полугода.

Ну вы в Милан как с собакой то приехали? Вы в России должны были ветконтроль пройти. Раз доки все ок, то и обратно вы спокойно с собакой вылетите. Кому ваша собака в ЕС нужна. Вам ветеринарные сертификаты нужны.