Подскажите пожалуйста, проблемы с обменом долларов 1996 года в Египте, только со 100 - ми банкнотами, или с более мелкими также?

Поменяйте их в банкомате. Не любят старые доллары. Ни какие.

В основном с сотками и менять сейчас выгоднее любые доллары в банкомате туда и 96 сможете слить только возможно придется в разных пробовать.