Если заполнить декларацию на въезд на Кубу за 48 часов, но, допустим, рейс задержали, то будет ли действительна такая декларация, ведь, получится так, что она была заполнена ранее чем за 48 часов до фактического вылета? .

Будет, она заполняется относительно запланированого рейса.

Просто за 48 часов до вылета рейс из расписания становится доступным в лекларации, на сколько его задержат потом не имеет значения. Принимающая сторона (аэропорт) извещается об изменениях.

Вот это Вы запарились. Все нормально будет с Вашей декларацией.