Подскажите пожалуйста, если вылетать чартером аэрофлот в москву спустя 31дней пребывания, нужно в аэропорту разрешение брать ? или как это работает?

Не нужно. Все рейсы Аэрофлота - это 100% регулярка. То что у вас билет на "чартер" - это ваш маленький секретик, никому об это в аэропорту не рассказывайте.