Добрый ночи, если я гражданин РФ и МД, хочу купить билет во франции на какой паспорт оформлять билет

На любой, вы всегда сможете показать оба паспорта, если вас об этом попросят. Главное из РФ выезжать с паспортом РФ.

На молдавский лучше.