А можно ли получить новый загран с протухшим внутренним паспортом?

Ну туда, как минимум, КМК штамп должны поставить о выдаче загранпаспорта. В просроченный документ не станут штамп ставить. Ну и при заполнении заявки на замену загранпаспорта данные внутреннего паспорта требуется вносить, насколько я помню.

Можно. Ваш текущий загран должен быть действительным.