Подскажите, если после прохождения консульской проверки на репатриацию в Израиль, но до отъезда в Израиль, зарегистрировали брак, а затем расторгли, надо ли уведомлять посольство об этом? что вообще в данном случае нужно сделать?

Надо уведомить, если на вас завели уголовное дело тоже уведомите. Вообще активная социальна́я жизнь в период между КП и отъездом в Израиль. Ваш случай если не единственный, то нечастый.

Уведомлять надо и КП проходить снова. Это по правилам.