Скажите пожалуйста, если улетаем с Мальдив с пересадкой в Абу даби, следующая дистанция указывать в имуги Эмираты или Россия ?

Россия. Но можно так и так, не важно)) не смотрят на это.

Если Эмираты это у Вас транзитная остановка, то правильно указывать страну вылета как РФ. Потому как по международным правилам, транзитная остановка не считается страной вылета.