Скажите, правда ли, что при получении немецкой визы консульство Германии забирает паспорт? кто-то сталкивался с этим?

Забирает. В норме предполагается, что это упрощает процесс проставления официальных отметок, но в некоторых случаях это может иметь интересные последствия (как у меня например было)