Подскажите, пожалуйста, по какому паспорту ехать , если ты гражданин РФ, но есть заграник Молдовы(новый)?

Выезжать из России только по российскому паспорту.

Вы гражданин России и Молдовы это равнозначные гражданства. а так да как вам написали, выезжает из РФ по паспорту РФ далее везде по паспорту Молдовы.