Если при оформлении evisa Вьетнама указали не тот чек поинт, в котором будем заезжать, и не тот, котором будем выезжать - это критично? Нужно заезжать только через ту локацию, которую указали?

Заезжать, да. Выезжать вроде без разницы.

Сейчас в выданной визе не печатают пункт, если он тоже работает с подобным типом виз, то распечатайте визу, все должно быть нормально. В базе данных у этого пункта может и не отобразиться, если решите просто по паспорту заехать, а так, возможно, не заметят (друзья залетали с ошибочно указанным пунктом, без проблем)