У меня единый билет из Стамбула через Лондон Хитроу -Торонто - Виннипег.

На стойке авиакомпании, которая первая выполняет перелёт. Если они сотрудничают, то регистрацию сделают на оба рейса (это ваш случай), если нет, то поотдельности. По поводу онлай, вам должно прийти напоминание со ссылкой где нужно зарегистрироваться.