Подскажите пожалуйста, может кто то сталкивался в последнее время: Через 3 недели нужно перегнать Автомобиль из Москвы в Калининград.

Для граждан Израиля безвиз. Не вижу причин вас не пропустить. Однако сейчас какие-то сложности есть именно с российскими номерами. Что-то правительство нарешало с ними. Вот это лучше подробнее узнать.

Информации мало, потому что не там спрашиваете) В вашем случае транзит невозможен. Проезд через Литву на РФ номерах допускается. только по УТД и при наличии собственника в машине.