Если прилет на Сейшелы аэрофлотом, по прилету нужно оплачивать 20 долларов?

Нет. По прилете не платят за разрешение на въезд, это делается во время оформления разрешения (если авиа не Аэрофлота). Если билеты Аэрофлота, то платеж уже включен в стоимость билетов.