Подскажите пожалуйста У человека два паспорта: РФ и ЛТ. Загран РФ закончился, но нужно въехать в РФ.

Не отпадают. Про поезд не уверена, а вот пешком точно может рос гражданин перейти, тем более, если есть старый паспорт - подтведить личность есть чем.

Справку в российском посольстве можно взять, временно заменяющую загранник. Или как вы уже описали с литовским паспортом.