Если поехать из Италии в другую европейскую страну на фликсбасе никто же не проверяет пермессо?

Выборочный пограничный контроль может быть на любой границе, в том числе и автобусе и личном автомобиле.

могут. Например Швейцария.

При посадке в автобус может сам водитель проверить.

Проверяют.