Можно ли вернуться в Индию с электронной визой по суше из Непала, если первый въезд был на самолёте?

Можно. Второй раз можно как угодно. Главное уточнить, какая у вас е-виза, есть ли там пометка "multi visa", т. е. многоразовый въезд)