Подскажите пожалуйста если я лечу транзитом с пересадкой в Баку, беру с собой 9900 долларов. Нужно ли мне указывать это в декларации по прилёту? Не хочу при вылете проблем.

Ввоз и вывоз в страну 10.000$, если у вас обнаружат хотя бы на 100₽ больше этой суммы, тогда да) И плюс, надо знать знать, какой ввоз и вывоз в страну окончательного прилета.

Не надо. Если свыше 10 т, то надо.