Подскажите кто где делает выезд въезд из Питера и Москвы, чтобы не нарушить 90 дней пребывания?

Правило 90/180 ни кто не отменял. Т. е. 90 дней в РФ, 90 дней вне РФ. Если есть основания для продления регистрации, то въезд выезд не нужен.