Гида или кого-то еще нужно предупреждать, о том, что на такси в аэропорт едем из отеля на Маргарите, а не с ними на автобусах?

Думаю да. Это правильно, чтобы вас не искали при посадке на трансфер. Это уважительно как минимум. Как максимум, он/она сообщит если что о переносе / задержке рейса вам.